Francesco apparteneva alla nobile famiglia spagnola dei Xavier. All'università di Parigi conobbe Ignazio di Loyola, fondatore della Compagnia di Gesù.

Giovane elegante e pieno di esuberanza, fu affascinato dall'ideale religioso e decise di mettere la sua vita al servizio della Chiesa. Con il breviario sotto il braccio e il rosario al collo, scese a Venezia, dove fu ordinato sacerdote e di lì partì per Roma in attesa di andare a predicare il Vangelo in tutto il mondo.

Si imbarcò su una nave mercantile con l'unico bagaglio dei breviario e dei rosario. la traversata durò due mesi e Francesco soffri il mai di mare, ma si prese cura dei malati che erano a bordo.  Sbarcò nell'isola di Goa e subito si mise a servizio dei lebbrosi, dei poveri, dei bambini.

Girava nei quartieri più poveri suonando un campanello e attirava intorno a sé folle di ragazzi ai quali parlava di Gesù, insegnava la preghiera e intanto, proprio dai ragazzi imparava la lingua locale. Tutti lo amavano e lo chiamavano il Grande Padre.

Il popolo amava i racconti dei Vangelo e voleva imparare quella bellissima preghiera che è il Credo. Molti chiedevano di essere battezzati e Francesco continuava per tutto il giorno a versare l'acqua della salvezza, finché le sue braccia cedevano per la stanchezza.

Appena poteva, si imbarcava per raggiungere i villaggi dei pescatori di perle sparsi nelle isolette dell'Oceano. Arrivò fino alle isole Molucche dove la gente viveva allo stato primitivo. Quando non trovava l'imbarcazione, partiva a nuoto: niente e nessuno lo spaventava.

Dopo mille vicende, riuscì a raggiungere il Giappone e senza conoscere né la lingua, né i costumi cominciò l'opera di evangelizzazione. Formò un piccolo gruppo di fedeli che chiamava "la delizia della mia anima. I Giapponesi gli chiedevano perché la sua religione non era nata in Cina. Allora riprese il viaggio.

Francesco capì che doveva recarsi nella patria delle grandi religioni. Lungo la traversata, sfinito dalle fatiche si ammalò e dovette fermarsi a Singapore, a cento chilometri da Canton. Era solo con un giovane cinese che lo accompagnava. Morì dicendo: «Signore, abbi pietà di ». Aveva 47 anni.