Dopo l'evangelizzazione del Giappone, compiuta da san Francesco Saverio tra il 1549 e il 1551, la preoccupazione dei missionari fu quella di acquisire all'apostolato uomini della popolazione locale. Paolo Miki, nato a Kyoto da una famiglia benestante intorno al 1564, fu uno di questi.

Convertitosi al cristianesimo in un periodo in cui i rapporti con il potere imperiale si erano fatti difficili — un decreto del 1542 aveva ordinato l'allontanamento di tutti i missionari dal regno — gli fu impedito di diventare sacerdote.

Per effetto di un nuovo decreto del 1596, per cui tutti i missionari che non avevano voluto allontanarsi dal Giappone dovevano essere incarcerati, Paolo Miki e i suoi compagni vennero condotti a Nagasaki e furono crocifissi nel 1597.